Wie genau Reiki funktioniert, ist nicht bekannt. Jeder Reiki-Praktizierende hat seine eigene Erklärung dafür. Wenn die Hände aufgelegt werden, spüren die meisten Menschen eine wohltuende Wärme, die sich während der Behandlung im ganzen Köprer ausbreitet. Manche schlafen bei der Behandlung ein, oder fallen in eine Art "Traumzustand" zwischen Einschlafen und Schlafen.

Bekommt man öfter Reiki-Behandlungen, dann fließt dem Köprer soviel Energie zu, daß er anfängt Krankheiten auf allen Ebenen zu heilen. Reiki aktiviert die Selbstheilungskräfte und erweckt den "inneren Arzt".

Reiki wirkt auf verschiedenen Ebenen. Manchmal liegt die Ursache der Krankheit auf einer tieferen Ebene, vielleicht führt eine falsche Einstellung zu dem körperlichen Problem. Dann kann es sein, daß Reiki die Ursache direkt angeht, und man dazu gezwungen wird, sich mit der Ursache auseinanderzusetzen.

Der Reiki-Gebende kann nicht vorhersagen, wie Reiki bei dem Empfänger wirkt, da er keinen Einfluß auf die Heilung hat. Meistens werden zumindest die Hände während der Reiki-Behandlung warm. Dabei muß das Gefühl in der Hand des Empfängers nicht dem des Gebenden entsprechen. Manchmal sind die Hände kalt, während der Empfänger eine wohltuende, tief ausströmende Wärme empfindet.

Generell gilt: Je länger die Erkrankung/das Unwohlsein vorhanden ist, desto mehr Reiki-Behandlungen müssen gegeben werden, bevor sich eine Änderung einstellen kann. Zu Beginn einer Behandlungsserie wird empfohlen, mindestens vier Behandlungen an vier aufeinander folgenden Tagen zu geben, um "den Stein ins Rollen zu bringen."